นอกจากนี้ ด้วยอำนาจของการควบคุมให้เป็นไปตามกฎ การท่าเรือฯจึงมีอำนาจหน้าที่ในการระบุโทษสำหรับการประพฤติผิดหรือละเว้นการปฏิบัติตามกฎระเบียบที่ถูกกำหนดขึ้นด้วยของผู้ใช้บริการที่ท่าเรือแต่ละแห่ง

ส่วนบทบาทที่สองในฐานะที่เป็นผู้บริหารจัดการท่าเรือ ในการบริหารจัดการของการท่าเรือฯนั้น มีท่าเรือสำคัญ ๆ หลายท่าเรือที่อยู่ภายใต้การบริหารจัดการ อาทิ ท่าเรือกรุงเทพ ท่าเรือเชียงแสน ท่าเรือเชียงของ และท่าเรือระนอง ซึ่งในฐานะ ผู้บริหารจัดการท่าเรือ การท่าเรือฯมีหน้าที่ในการพัฒนาท่าเทียบเรือและสิ่งอำนวยความสะดวกต่าง ๆ ตลอดจนการดูแลรักษาความปลอดภัยทางด้านสิ่งแวดล้อมและ อาชีวอนามัยให้เกิดขึ้นในท่าเรือแต่ละแห่งให้เป็นไปตามมาตรฐานที่ได้กำหนดขึ้น

หากจะพิจารณาจากโครงสร้างขององค์กร จะพบว่าการท่าเรือฯได้มีการแบ่งการบริหารจัดการท่าเรือต่าง ๆ ออกเป็นท่าเรือกรุงเทพ ท่าเรือแหลมฉบัง และท่าเรือส่วนภูมิภาค โดยที่การบริหาร จัดการที่ท่าเรือกรุงเทพและท่าเรือ แหลมฉบังจะมีลักษณะที่แตกต่างกันออกไป ทั้งในส่วนของโครงสร้างของการบริหารจัดการ อำนาจหน้าที่ของหน่วยงาน และสายการบังคับบัญชา ทำให้รูปแบบของการบริหารจัดการของทั้ง 2 ท่าเรือนั้นมีความแตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัด

ดังจะสังเกตเห็นว่าการบริหารจัดการที่ท่าเรือแหลมฉบังจะมีความคล่องตัวมากกว่าการบริหารจัดการที่ท่าเรือกรุงเทพ ในขณะที่ท่าเรือส่วนภูมิภาคทั้งท่าเรือเชียงแสน ท่าเรือเชียงของ และท่าเรือระนอง ต่างมีระบบการบริหารจัดการที่จำแนกออกไป ภายใต้การบริหารงานในส่วนของภูมิภาคเป็นหลัก

สำหรับบทบาทสุดท้ายของการท่าเรือฯ คือบทบาทในฐานะที่เป็นเจ้าของพื้นที่ โดยการท่าเรือฯมีลักษณะของความเป็นเจ้าของท่าเทียบเรือ ที่มีสิทธิ์ในการดำเนินการทุกอย่างได้ในอาณาบริเวณของท่าเรือ หรือแม้กระทั่งการโอนกรรมสิทธิ์หรือการให้สัมปทานในพื้นที่แก่ผู้ประกอบการที่ดำเนินกิจการอยู่ที่ท่าเทียบเรือ อันมีผลทำให้ ผู้ประกอบการที่ได้รับสิทธิ์หรือสัมปทานในการดำเนินกิจการนั้น ๆ มีลักษณะความเป็นเจ้าของในพื้นที่ สามารถดำเนินกิจการในด้านของการรับส่งสินค้าที่ท่าเรือได้อย่างดีในฐานะของเจ้าของพื้นที่รายหนึ่ง

ดังที่ได้กล่าวมาในเบื้องต้นถึงบทบาทหน้าที่ของการท่าเรือฯ ในอันที่จะส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนาโลจิสติกส์ของประเทศไทย และคงจะเป็นการดีไม่น้อยหากการดำเนินการต่าง ๆ จะกระทำด้วยความโปร่งใส และไม่เกิดกรณีของผลประโยชน์ทับซ้อน อันเนื่องมาจากบทบาทที่ขัดแย้งกันอยู่ของการท่าเรือฯนั่นเอง ทั้งการเป็นผู้ที่มีอำนาจในการวางและควบคุมกฎระเบียบต่าง ๆ พร้อม ๆ กับการเป็น ผู้ดำเนินการบริหารจัดการท่าเรือต่าง ๆ ให้เป็นไปตามกฎระเบียบนั้น ๆ ที่ได้ถูกวางไว้

ดังนั้น การจะดำรงตนให้เป็นบรรษัทธรรมาภิบาล (good governance) ได้นั้น การท่าเรือฯจำเป็นอย่างยิ่ง ที่จะต้องทบทวนบทบาทที่แท้จริงของ ตนเองว่าควรดำรงตนเช่นไรในการที่จะสนับสนุนการพัฒนาโลจิสติกส์ของประเทศไทยได้อย่างชัดเจน อีกทั้งยังขจัดข้อโต้แย้งในเรื่องของผลประโยชน์ทับซ้อนอีกด้วย

การท่าเรือแห่งประเทศไทยจะยังคงไว้ซึ่งความสับสนในด้านของการดำเนินนโยบายดังเช่นปัจจุบันนี้ไปเรื่อย ๆ รวมถึงความเสี่ยงในอันที่จะก่อให้เกิดผลประโยชน์ทับซ้อน อันเนื่องมาจากบทบาทที่เหลื่อมล้ำกันอยู่ของการท่าเรือฯ หรือจะหาทางออก ใหม่ ๆ ที่จะนำมาซึ่งการบริหารจัดการที่โปร่งใสและมีประสิทธิภาพ

นี่คงจะเป็นอีกหนึ่งคำถามที่ท้าทายการ บริหารจัดการของการท่าเรือแห่งประเทศไทยในอนาคตได้เป็นอย่างดี