โดยก่อนหน้านี้ได้ทำการทดลองใช้ระบบฯ ตั้งแต่วันที่ 1 พฤศจิกายน 2554 ซึ่งได้มีการสอบถามปัญหาและข้อเสนอแนะจากผู้เกี่ยวข้องเพื่อนำมาปรับปรุงระบบฯ ให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น รวมทั้งประเมินผลในเบื้องต้น ซึ่งผลปรากฏเป็นที่พอใจแก่พนักงานและผู้ใช้บริการที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ ทกท. ยังได้ดำเนินการปรับปรุงสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ เพื่อรองรับระบบฯ ได้แก่ การจัดทำรั้วและแนวขอบเขตพื้นที่ปฏิบัติงาน การจัดทำป้ายจราจร ป้ายบอกสถานที่และเส้นทาง การจัดทาสีเส้นที่จอดรถผู้ใช้บริการ พนักงานและเจ้าหน้าที่ศุลกากร รถบรรทุกหัวลากและหางลาก  การจัดทาสีเส้นเขตห้ามหยุดรถทั้งด้านหน้าและด้านหลังด่านตรวจสอบ กตส. 1 การจัดทำเครื่องหมายลูกศรแสดงทิศทางจราจรบนผิวทาง และการจัดทำป้อมยามรักษาความปลอดภัยตามจุดต่างๆ รวม 7 ป้อม

สำหรับการจัดระบบการผ่านเข้า – ออกพื้นที่ปฏิบัติงานของ ทกท. แบ่งเป็น 3 ระยะ ระยะที่ 1 เป็นการจัดระบบฯ ในเขตพื้นที่ปฏิบัติงานเขื่อนตะวันออก ซึ่งเริ่มใช้เริ่มตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2555 เป็นต้นมา โดยเป็นการควบคุมการผ่านเข้า – ออกของบุคคลและยานพาหนะในพื้นที่ กตส. 1 และ 2 โครงการระยะที่ 2 จะขยายไปยังพื้นที่ปฏิบัติงานเขื่อนตะวันตก (เริ่มประมาณเดือนตุลาคม 2555) และระยะที่ 3 ดำเนินการในพื้นที่เขตรั้วศุลกากรท่าเรือกรุงเทพ โดยจะเริ่มภายหลังจากงานก่อสร้างอาคารศูนย์ราชการประจำท่าเรือกรุงเทพให้เป็นที่ทำการศุลกากรและหน่วยราชการที่เกี่ยวข้องแห่งใหม่แล้วเสร็จ (ประมาณเดือนตุลาคม 2556)

เรือตรีวิโรจน์ฯ กล่าวเพิ่มเติมว่า การจัดระบบฯ ดังกล่าว นอกจากเป็นการดำเนินการเพื่อให้ระบบการจราจรและระบบรักษาความปลอดภัยเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพตามมาตรฐานสากล ภายใต้ระบบการบริหารจัดการด้านความปลอดภัย อาชีวอนามัยและสิ่งแวดล้อมท่าเรือ (PSHE - MS) และระบบการรักษาความปลอดภัยของเรือและท่าเรือระหว่างประเทศ (ISPS Code) แล้ว ยังเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพงานบริการของ ทกท. อำนวยความสะดวกรวดเร็ว และลดค่าใช้จ่ายแก่ผู้ใช้บริการด้วย